Hydrológia a hydrogeológia

    V smere zo severu na juh pohoria Slanské vrchy prechádza rozvodnica, ktoré delí územie na dve povodia. Na západnej strane je to povodie rieky Hornád, ktoré čiastočne zahŕňa povodie Torysy a Olšavy. Rieka Hornád teda čiastočne odvodňuje Slanské vrchy, a to z ľavej strany. Na západnej strane pohoria pramení napríklad Brestovský potok, ktorý preteká obcou Brestov. Na východe je to povodie rieky Bodrog, ktoré je čiastkovým povodím rieky Topľa a Ondavy od sútoku s Topľou po sútok s Latoricou. Rieky Ondava a Topľa tvoria druhú hlavnú vetvu riečneho systému, ktorý tvorí rieku Bodrog. Do Tople z východu Slanských vrchov ústí niekoľko tokov prameniacich v Slanských vrchoch. Najvýznamnejšími sú Hermanovský potok, Zámutovský potok, Slaný potok, potok Lomnica a Olšava.

    Tvar pohoria udáva smer prúdenia tokov západným a východným smerom. V dôsledku toho sú toky krátke s malými a nevyrovnanými prietokmi. Niektoré dokonca pri minimálnych stavoch vyschýnajú. Povrchové toky v oblasti neovulkanitov sú horského bystrinného charakteru s vysokým spádom. Tento spád po opustení neovulkanitov klesá, čo spôsobuje vznik meandrov. Najnižší prietok je v mesiacoch október až december a najvyšší prietok je na jar v dôsledku roztápajúcej sa snehovej prikrývky a to v mesiacoch marec až apríl.

    V južnej časti Slanských vrchov sa nachádza jazero Izra. Vzniklo zahradením doliny po zosuve. Jeho rozloha je 3,7 ha a nachádza sa v nadmorskej výške 470 m n. m.. Slúži ako obľúbené rekreačné stredisko pre obyvateľov z okolia Košíc. Susedná Malá Izra zanikla prirodzeným spôsobom.

    V neovulkanických horninách je kolobeh podzemnej vody závislý na pórovitosti a puklinovosti horninového prostredia. Z tohto faktu vyplýva, že tu nachádzame dva typy podzemných vôd: pórové a puklinové vody. Aj keď zrážky sú v oblasti pomerne vysoké, voda sa dostáva hlboko do podložia a zásobuje tak artézske vody. Pramene preto majú malú výdatnosť a sú veľmi zriedkavé. Najviac naakumulovanej vody je v oblastiach zlomov.

    Na severe vulkanického komplexu sa nad lokálnou eróznou bázou nachádza viacero prameňov, ktoré vyvierajú na styku vulkanitov a sedimentov kotliny. Tieto pramene majú veľký rozkyv výdatnosti.

    Z hydrogeologického hľadiska je veľmi významný gejzír v Herľanoch. Táto voda je charakterizovaná ako slaná, zásaditá zemitá eruptujúca kyselka. Jej mineralizácia je 4 800 mg.l^-1, obsah skoro 1000 mg.l^-1 voľného CO₂ s teplotou 16,7 °C.

    Pre okolie Prešova je známy výskyt obyčajných soľaniek východoslovenského soľnatého miocénu.